La qualité de l'eau est décrite, pour chaque altération, avec un indice et 5 classes de qualité

La classe "bleu" de référence, permet la vie aquatique attendue pour la rivière considérée, la production d'eau potable après une simple désinfection et les loisirs et sports aquatiques.

La classe "rouge" ne permet plus de satisfaire au moins l'un de ces deux usages ou les équilibres biologiques.

Le SEQ-Eau a été construit à partir d'une étude de définition réalisée par la société ABC en 1991, d'une étude de réalisation effectuée par les sociétés ASSI, GERPA et CIRSEE en 1995 et d'une étude de rodage effectuée en 1997 par la société ASSI avec l'appui d'une équipe de scientifiques coordonnée par le professeur M. MEYBECK. Il a été ajusté et complété depuis 1998 pour tenir compte de la directive 98/83/CE de novembre 1998 sur la qualité des eaux destinées à la consommation humaine. Il a été officialisé dans sa version 1 le 10 juin 1999 par le ministère de l'aménagement du territoire et de l'environnement (MATE), l'outil de calcul étant alors mis à disposition sur Internet. Il a enfin été complété en 1999/2000 avec notamment l'état physico-chimique de l'eau et avec la prise en compte des mesures de micropolluants sur sédiments et matières en suspension, pour conduire à une version 2 en attente d'officialisation.

Source :
Système d'évaluation de la qualité de l'eau des cours d'eau (SEQ-Eau)
Rapport de présentation de la version 2, avril 2003¾ MEDD & Agences de l'eau (non publié)